Игра является прямым продолжением Sonic the Hedgehog 3, как в плане сюжета, так и в плане графики: в Sonic & Knuckles используется тот же графический движок, что и в предыдущей игре. Главной возможностью игры является прохождение её не только за ежа Соника, но и за персонажа ехидну Наклза, встречающегося в Sonic 3 только в качестве противника.

Sonic & Knuckles был выпущен с уникальной технологией «Lock-on», которая позволяла соединять его с другим картриджом. В результате, S&K можно было комбинировать с Sonic 2 и Sonic 3, внося в эти игры новые возможности.

3-я часть игры — прямое продолжение второй части, в которой Соник побеждает Доктора Роботника, собрав семь Изумрудов Хаоса, в режиме Супер Соника прибывает на Остров Ангела. Прибыв на остров, Соник сталкивается с новым персонажем Knuckles the Echidna, который был обманут Доктором Роботником, в игре является вашим врагом, всячески пытается вам пакостить, но бороться вы с ним не сможете (это произойдёт в продолжении игры Sonic and Knuckles).