Игра является прямым продолжением Sonic the Hedgehog 3, как в плане сюжета, так и в плане графики: в Sonic & Knuckles используется тот же графический движок, что и в предыдущей игре. Главной возможностью игры является прохождение её не только за ежа Соника, но и за персонажа ехидну Наклза, встречающегося в Sonic 3 только в качестве противника.

Sonic & Knuckles был выпущен с уникальной технологией «Lock-on», которая позволяла соединять его с другим картриджом. В результате, S&K можно было комбинировать с Sonic 2 и Sonic 3, внося в эти игры новые возможности.