3-я часть игры — прямое продолжение второй части, в которой Соник побеждает Доктора Роботника, собрав семь Изумрудов Хаоса, в режиме Супер Соника прибывает на Остров Ангела. Прибыв на остров, Соник сталкивается с новым персонажем Knuckles the Echidna, который был обманут Доктором Роботником, в игре является вашим врагом, всячески пытается вам пакостить, но бороться вы с ним не сможете (это произойдёт в продолжении игры Sonic and Knuckles).