В этой игре «SEGA» осталась верна своему принципу: «После главного злодея жизнь не закончилась». И здесь после последнего босса открываются новые горизонты в виде нового игрока — Metal Sonic’а, который сюжетной линии не имеет, а является лишь дополнительным персонажем, возможности собрать все 150 карточек и попробовать себя в режиме «Чемпионат» («Championat»). Этот режим представляет собой восемь кубков, каждый из которых соответствует одному Изумруду Хаоса и один обучающий.
История
Злодей «Эггман» (Eggman) похитил и с помощью футуристической машины превратил в волшебные карточки Эми (Amy), Тэилза (Tails), Главный Изумруд и Руж (Rouge). Соник, Наклз и Шэдоу отправляются спасать своих друзей. Однако, настоящим злодеем является вовсе не Эггман, а его далёкий потомок, прибывший из будущего — Эггман Нега. Также в игре присутствуют Сильвер, прибывший, чтобы отправить Эггмана Негу назад, и Metal Sonic, пытающийся спасти обычного Эггмана, также превращённого в волшебную карточку.
Зоны
Зоны игры носят следующие названия:

* «Forest Falls Zone» — самая первая зона. Очень красива, преобладают живописные пейзажи. Враги — старые друзья из SH(есть во всех зонах) и новое лицо — Венум (Venoom) — робот-паук. Босс — Эгг-черепаха (Egg Turtle) — гигантская черепаха- робот, которую необходимо атаковать шесть раз (как и остальных боссов), когда она высовывает голову.

* «Colosseum Highway Zone» — зона, стилизованная «под Древний Рим». Враги — механические вороны (Vultur). Босс — Эгг-сокол (Egg Falcon), птица-робот, которую необходимо атаковать, когда она опускается.

* «Sky Park Zone» — излюбленный «Sega» уровень, стилизованный «под казино». Враги — клоуны-роботы (Mono Clown), бьющиt своими кулаками всех, кто по неосторожности подошел к ним слишком близко. В роли суперпротивника здесь выступает Metal Sonic.

* «Crystal Mountain Zone» — ледяные сугробы, шипы и небольшой, но захватывающий заезд на санках. Враги — Йети (Yetee), тварь, как будто состоящая из сосулек. Босс — Эгг-рысь (Egg Lynx), рысь-робот, атакующая лапами.

* «Death Yard Zone» — несмотря на не самое жизнеутверждающее название, в «Death Yard Zone» проиграть невозможно. Постоянные полёты и гонка с Metal Sonic’ом во втором акте не даст скучать. Босса, имя которого неизвестно, необходимо уничтожить за определённый промежуток времени.

* «Meteor Base Zone» — последняя зона. Здесь — база Эггмана, много лавы и новый враг, которого нельзя уничтожить — Drill Worm — червяк-робот, вылезающий прямо под ногами героя. Последний босс — локомотив-ракета, движущаяся по направлению к Земле. На её уничтожение даётся четыре минуты.
Персонажи
Sonic the Hedgehog
Здесь у Соника особая миссия — спасти своих друзей, злодейски превращённых в карточки. Способность — некоторое время может бежать быстрее, чем обычно.
Knuckles the Echidna
Наклз здесь ищет вечно куда-то пропадающий Главный Изумруд Хаоса (который также превратили в карточку). Атакует кулаками и быстро бегает. Способность — наносит удар, который достаёт и оглушает соперника, независимо от его местоположения.
Shadow the Hedgehog
Шэдоу-тёмный ёж,созданный дедушкой Эггмана — профессором Джеральдом Роботником. По сюжету игры, Шэдоу получил от Эггмана просьбу о помощи. Прибыв на помощь Эггману, Шэдоу оказался втянут в водоворот событий, среди которых — превращение Руж в карточку и необходимость её спасти. Способности — может применять замедление времени для противника(Хаос Контроль).
Silver the Hedgehog
Сильвер — молодой ёжик, прибывший из будущего. Его задание — найти и обезвредить далёкого потомка Эггмана — Эггмана Негу. Кончается история Сильвера тем, что во время боя на «Egg Destroyer» Эггман Нега случайно превращает в карточку самого себя. Способности — применяет психокинетику.
Metal Sonic
Metal Sonic’а можно открыть, пройдя сюжетные линии всех предыдущих персонажей. «Раб» Эггмана, подчиняющийся всем его приказам. Не имеет специальных способностей,но может копировать специальную способность противника