* Splash Hill Zone. Стандартная начальная зона почти для всех игр о Сонике: лесной уровень, где много роботов и бонусов. Боссом является Эггман с шаром на цепи (как босс в Green Hill Zone из Sonic the Hedgehog).

* Casino Street Zone. Зона в любимом стиле уровней о Сонике — казино. Этот уровень можно назвать бонусным, так как можно набрать множество жизней. Хотя потерять здесь их тоже можно. Босс уровня — «тарелка с щипцами» (как в «Casino Night Zone» из Sonic the Hedgehog 2). После нескольких ударов Эггман злится и трансформируется в электрический шар.

* Lost Labyrinth Zone. Зона образно разделена на две части: 1-й и 3-й акт находятся больше всего под водой. Во втором акте в версиях для консолей Сонику приходится бегать по тёмному лабиринту, освещая путь факелом (при активизации Супер Соника всё освещается); в iOS-версии Соник катается на вагонетке, которая может прыгать. Также этим факелом можно поджигать фитили от взрывчаток и зажигать другие факелы, чтобы открывать двери или просто сильнее освещать уровень. В этой зоне босс сложен — началом он похож на босса в Labyrinth Zone из Sonic the Hedgehog, где нужно подниматься за Эггманом по лабиринту вверх. Под конец Эггман загоняет Соника в комнату, в которой пытается придавить игрока вылезающими из стен тотемами, иногда вся комната может быть заполнена камнем, и приходится бежать к Эггману.

* Mad Gear Zone. Зона на заводе стиля «Metropolis Zone» (Sonic the Hedgehog 2) — те же бадники, те же приспособления и много нового. Босс опять же взят из предыдущей игры (Sonic 2), Эггман окружён кольцом шариков, которые при ударе превращаются в небольшую копию Эггмана, но теперь при ударе об шар Соник не теряет кольца, а при ударе об копию — теряет. После нескольких ударов Эггман летит в центр экрана, ругает Соника и улетает. Надо его догонять, по пути, не уничтожая копии, которые Эггман бросает в игрока.

* E.G.G. Station Zone. Пройдя все доступные зоны, игроку показывают видеоролик, в котором Эггман улетает в космос на свою базу. Соник преследует злодея на ракете Тейлза.

Зона исключительно с боссами. Все 4 босса из предыдущих зон встретятся здесь, немного усложнённые. Под конец Соник встречается с роботом из Death Egg Zone (Sonic the Hedgehog 2), представляющим большую копию Эггмана. Этот босс — последний, и с ним придётся повозиться. Сначала он будет просто ходить по уровню, летать и стрелять руками. После 16-и ударов он ломается, покрывается электричеством, теперь его нельзя ударить. Он начинает запускать руки вверх, и сбрасывать их на Соника. Рука-ракета от удара Соника полетит роботу прямо в челюсть, сбив его с ног и предоставив робота для удара. Ещё 10 ударов — и он почти готов. Последний удар Эггман нанесёт резко и неожиданно. Прицел начнёт с бешеной скоростью носиться по земле, и затем робот грохнется в эту точку. Если в последнюю секунду его не разрушить — то земля разрушится под ногами Соника, и он упадёт. Верный удар полностью уничтожит робота, Соник сбежит с базы, и тем самым спасётся.

Игрока ждут небольшой видеоролик, титры и снова видеоролик. Если собраны семь Изумрудов Хаоса, то покажут затенённое изображение Метал Соника и напишут «To be continued…» (Продолжение следует)